Бюджет Сообщества на каждый бюджетный год разрабатывается Интеграционным Комитетом по согласованию с государствами Сообщества и утверждается Межгосударственным Советом на уровне глав государств.
Бюджет Сообщества формируется за счет долевых взносов: 40 процентов вносит Россия, по 20 процентов - Белоруссия и Казахстан, по 10 процентов - Киргизия и Таджикистан.